1919 wurde die Universität in Köln neu gegründet, deren medizinische Fakultät die städtischen Krankenanstalten Lindenburg übernahm. Als Lindenburg wurde ursprünglich ein zwischen der Bachemer und der Gleueler Straße gelegenes Landgut des Antoniterordens bezeichnet. Dort war 1855 eine private Heil- und Pflegeanstalt für psychisch Kranke gegründet worden, die 1908 erweitert und in städtischer Trägerschaft als ‚Krankenanstalten Lindenburg‘ weitergeführt wurde.
Die nördlich der Kempener Straße angesiedelte Uniklinik wuchs sehr schnell mit vielen Kliniken und Instituten. Mitte der 1950er Jahre wurde der Bau einer Klinikkirche für die Patientenseelsorge beschlossen. Den 1958 ausgeschriebenen und auf sechs Architekten beschränkten Wettbewerb gewann Gottfried Böhm. 1962-65 wurden Kirche und anschließendes Cellitinnen-Kloster errichtet.
Die zahlreichen Klinikgebäude der Uniklinik bilden fast ein eigenes Stadtviertel mitten in der umgebenden Wohnbebauung des Kölner Stadtviertels Lindenthal. Viele Gebäude und vor allem das markante, Anfang der 1970er Jahre errichtete Bettenhaus stehen in einem großen Areal nördlich der Kerpener Straße. Benachbart zum Bettenhaus steht nordöstlich der Kreuzung mit der Joseph-Stelzmann-Str. etwas zurückgesetzt die Kirche St. Johannes der Täufer.
Die betonsichtige Außenhaut des flach lagernden Baukubus ist nur durch ein tiefliegendes, umlaufendes Fensterband aufgebrochen, ansonsten glatt und ungegliedert. An der Traufkante sind flache, gereihte Giebel und kräftig vorstehende Wasserspeier sichtbar. So wirkt der Bau als gestalterischer Ruhepol im heterogenen und mit unterschiedlichsten Rasterfassaden gekennzeichneten Gelände der Uniklinik. Die Sichtbetonflächen des Außenbaus zeigen eine deutliche Schichtstruktur und wirken dadurch fast monolithisch. Die Außenhaut wurde 2006/07 einer aufwändigen Betonsanierung unterzogen, wobei man versucht hat, die unterschiedlich groben Oberflächenstrukturen des Betons mit sichtbaren Schüttlinien behutsam zu erhalten.
Das angegliederte, ehemalige Kloster (heute versch. Uni-Institute) liegt überwiegend von der Straße abgewandt, ist über verschiedene kleine Höfe mit der Kirche verbunden und zur Straße nur im nördlichen Teil sichtbar. Hier verläuft nördlich der Kirche ein langer Gebäudearm senkrecht zur Stelzmann-Straße, der östlich der Kirche in ein nach Westen offenes Gebäude-U übergeht, das dreiseitig einen Innenhof umfängt und nach außen und innen Reihungen von Fenstern mit auskragenden Betonpflanzkästen aufweist, die Fenster der ursprünglichen Schwestern’zellen‘. Der westliche Abschluss des von den Klosterzellen umfangenen Atriums ist durch einen verglasten Gang gebildet. Zur Kirche vermittelt hier ein nahezu quadratischer Raum, das ehemalige Oratorium, dem atriumsseitig eine sehr kleine, prismatisch aufragende Kapelle gegenüber gestellt ist. Kirche und ehemaliges Kloster bilden, auch durch die einheitlichen Sichtbetonoberflächen, ein aus einem Guss wirkendes eindrückliches Ensemble und mit den Innenhöfen kleine Ruheoasen im hektischen Univiertel.
An der Südseite der Kirche leitet ein flacher, kleiner Vorbau mit vorgesetzter turmartiger Betonscheibe als Glockenträger die Besucher/innen in den Kirchenraum.
Im Inneren erschließt sich ein klar gegliederter weiter Raum über längsrechteckigem Grundriss. Ein niedriger, analog zum Außenbau betonsichtiger Sockel trägt ein entsprechend tiefliegendes, umlaufendes Fensterband, das von schmalen Betonstützen unterbrochen ist, die Ecken sind stützenfrei verglast. Darüber tragen hell verputzte, ungegliederte Wandflächen ein ebenfalls hell verputztes, querliegendes, regelmäßiges Deckenfaltwerk, das in der Mittelachse leicht nach oben geknickt ist: Ein heller Baldachin scheint den Raum zu überfangen.
Eingestellte Architekturen aus Sichtbeton gliedern den Raum: dem Eingang gegenüber liegt der erhöhte Altarbereich mit einer rückwärtigen, skulptural ausgebildeten Baldachinwand, der seitlich davon eingetiefte Bereich sollte ursprünglich den Taufort aufnehmen, wurde später aber als Tabernakelort ausgebildet. Links der Gemeindebänke ist ein langgestreckter Baukörper auf schlanken Stützen eingestellt, der zum Eingang gewandt eine kleine Kapelle ausbildet und dahinter die Sakristei aufnimmt. Auf der Empore darüber haben Orgel und Chor Platz. Der anschließende freie Raum links des Altarbereiches war für Liegendkranke vorgesehen, die über unterirdische Gänge und einen Bettenaufzug in die Kirche gelangen können. Rechts stehen zwei mächtige, zylindrische Beichtstühle.
Gottfried Böhm entwarf nicht nur diese eingestellten Kleinarchitekturen, sondern auch Altar und Ambo, die durch hellen Naturstein hervorgehoben sind. Das umlaufende Fensterband schließlich ist wohl Böhms bedeutendstes Glaskunstwerk. Die Gläser zeigen variierende kristalline Motive ähnlich wie in St. Stephan in Brühl. Hier gibt es jedoch zusätzliche Einwürfe von abstrahierten Symbolen und Schrift und die Fenster sind sowohl nach innen als auch nach außen dreidimensional, indem sie skulpturale Erweiterungen aus schmiedeeisernen Konstruktionen aufweisen. Nach außen springen aus der Fensterfläche vegetabile Formen mit dornigen Zweigen hervor, Hinweise auf den brennenden Dornbusch? Nach innen ist ein Kreuzweg mit einzelnen Stationen realisiert: plastisch hervortretende Metallelemente wie Dornenkrone, Kreuz, Hände etc. und abstrahierte Symbole in den Gläsern verbinden sich zur gemeinsamen Aussage. Ein umlaufender roter Streifen am oberen Abschluss der Fenster mündet in der rot lodernden ‚Osterfeuer‘verglasung im Kirchenportal: Leiden und Auferstehung gehören eng zusammen.
Das spätmittelalterliche Kruzifix im Altarbaldachin stammt aus dem Schwesternhaus der ehemaligen städtischen Krankenanstalten Lindenburg.
Die Klinikenkirche entsteht parallel zu St. Gertrud/Köln, die zunächst auch mit deutlich schlichterem Grundriss geplant war. Der Wettbewerb für die Klinikkirche fand jedoch schon 1958 statt, hier sind noch Gestaltungsmerkmale der Böhmschen Architektur aus den späten 1950er Jahre vorhanden. Es gibt eine enge Verwandtschaft zur Waisenhauskirche in Köln-Sülz, deren kubischer Baukörper ein einfacheres Faltdach trägt. Der Altarbaldachin taucht in beiden Kirchen unterschiedlich auf, findet sich auch an anderen Böhmkirchen, beispielsweise in St. Josef in Grevenbroich. Die Betonung der liturgischen Orte zeigt im Werk Böhms immer seine große Auseinandersetzung mit dem liturgischen Geschehen und dem Wunsch, dies in der Architektur ablesbar zu machen. In Bergisch Gladbach / Schildgen sind es die Turmüberhöhungen, in Hürth-Kalscheuren die einzelnen Konchen. Hier markieren verschiedene Kleinarchitekturen aus Sichtbeton die liturgischen Aufgaben einzelner Orte. Auffallend und ungewöhnlich sind die zylindrischen Beichtstühle, aber auch die betonten Orte von Altar und Baldachin und der eingetiefte ursprüngliche Taufort. Hier sind die liturgischen Orte aber nicht mehr durch Türme oder Ähnliches von außen ablesbar.
Böhm ermöglicht mit der Klinikkirche St. Johannes der Täufer einen Ruheort im hektischen und herausfordernden Klinikalltag. Der nach außen ruhig lagernde Bau setzt in seiner Zurückgenommenheit, aber auch mit dem monolithisch verwandten Material des Sichtbetons einen klaren Akzent in die Umgebung. Auch das Innere ist auf den ersten Blick überschaubar und einladend. Dem genauer schauenden Besucher bietet der ungewöhnliche und im künstlerischen Werk Böhms bedeutsame Kreuzweg in den Fenstern die Möglichkeit zu Meditation und Reflektion – vielleicht auch des eigenen Leids.
Nicht zu vergessen ist hier das angegliederte Klostergebäude, das mit der Kirche ein wichtiges Ensemble eingeht. Die Klosterarchitektur ist ebenfalls sehr zurückgenommen, ihre Stärke zeigt sich in der Gliederung mit geschützten Innenhöfen. Die kleine Kapelle im Atrium ist (zusammen mit dem Altarbaldachin der Kirche) ein dezenter Hinweis auf die parallel bereits entstehenden prismatischen Betonskulpturen Böhms. Frühere Entwürfe zeigen noch eine schlichte halbrunde Brunnenkapelle im Atriumsgang.